一、長時程觀察細(xì)胞遷移和生長

激光掃描共聚焦顯微鏡光子產(chǎn)生效率已大大改善，與更亮的物鏡和更小光毒性的染料結(jié)合后可以減小每次掃描時激光束對細(xì)胞的損傷，用于數(shù)小時的長時程定時掃描，記錄細(xì)胞遷移和生長等細(xì)胞生物學(xué)現(xiàn)象。

二、三維圖像的重建

傳統(tǒng)的顯微鏡只能形成二維圖像，激光掃描共聚焦顯微鏡通過對同一樣品不同層面的實時掃描成像，進行圖像疊加可構(gòu)成樣品的三維結(jié)構(gòu)圖像。 它的優(yōu)點是可以對樣品的立體結(jié)構(gòu)分析，能十分靈活、直觀地進行形態(tài)學(xué)觀察,并揭示亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的空間關(guān)系。

三、細(xì)胞間通訊的研究

激光掃描共聚焦顯微鏡可通過觀察細(xì)胞縫隙連接分子的轉(zhuǎn)移來測量傳遞細(xì)胞調(diào)控信息的一些離子、小分子物質(zhì)。 該技術(shù)可以用于研究胚胎發(fā)生、生殖發(fā)育、神經(jīng)生物學(xué)、腫瘤發(fā)生等過程中縫隙連接通訊的基本機制和作用，也可用于鑒別對縫隙連接作用有潛在毒性的化學(xué)物質(zhì)。

四、在眼科研究中的應(yīng)用

利用激光掃描共聚焦顯微鏡可以觀察晶狀體，角膜、視網(wǎng)膜、虹膜和睫狀體的結(jié)構(gòu)和病理變化。

五、在血液病學(xué)和醫(yī)學(xué)免疫學(xué)研究中的應(yīng)用

激光掃描共聚焦顯微鏡觀察免疫細(xì)胞和系統(tǒng)，如樹突狀細(xì)胞、單核-吞噬細(xì)胞系統(tǒng)、自然殺傷細(xì)胞、淋巴細(xì)胞時，在準(zhǔn)確細(xì)胞定位的同時有效鑒定免疫細(xì)胞的性質(zhì)。

 六、組織和細(xì)胞中的定量熒光測定

激光掃描共聚焦顯微鏡可以從固定和熒光染色的標(biāo)本以單波長、雙波長或多波長模式，對單標(biāo)記或多標(biāo)記的細(xì)胞及組織標(biāo)本的共聚焦熒光進行數(shù)據(jù)采集和定量分析,同時還可以利用沿縱軸上移動標(biāo)本進行多個光學(xué)切片的疊加， 形成組織或細(xì)胞中熒光標(biāo)記結(jié)構(gòu)的總體圖像,以顯示熒光在形態(tài)結(jié)構(gòu)上的精確定位。